دانشگاه باقرالعلوم(ع) در پي رهنمودهاي حضرت امام خميني(ره) در سال 1363، به منظور بالا بردن سطح آگاهيهاي سياسي طلاب در زمينههاي جهان اسلام، ايران و روابط بينالملل شروع به كار نمود.
به دنبال درك و پذيرش ضرورت تربيت محقق سياسي، واحد فوق، اقدام به برگزاري دورههاي آموزشي كوتاه مدت عمومي و تخصصي نمود و با انجام بررسيهاي كارشناسي و اخذ نظرات استادان حوزه و دانشگاه، در سال 1364 اقدام به ثبت مؤسسه آموزش عالي باقرالعلوم(ع) نمود.
سال 1366 با تلاش دلسوزانه مسئولان مؤسسه، دورههاي آموزش سياسي دفتر تبليغات اسلامي حوزه علميه قم به نحوي منسجمتري شروع شد. اين اقدام عملي و مؤثر با استقبال فراوان طلاب و فضلاي حوزه علميه قم مواجه و از اين رو، دورههاي آموزش سياسي با برنامهريزي جديد توسعه پيدا كرد.
اين دورههاي آموزشي كه شرط اساسي پذيرش در آن از همان ابتدا، اشتغال به دروس حوزوي و داشتن ديپلم متوسطه بود، بر اساس واحدهاي رسمي مصوب وزارت فرهنگ و آموزش عالي و توسط استادان مجرب و اعضاي هيئت علمي مدعو از حوزههاي علميه و دانشگاههاي معتبر، آغاز شد.
از ابتداي تأسيس اين دورهها، سعي بر اين بود تا اعضاي هيئت علمي پرسابقه و متعهدي از مراكز علمي حوزوي و دانشگاهي، جهت تدريس و تكميل كادر هيئت علمي به همكاري دعوت شوند كه مؤسسه در اين زمينه موفقيتهاي چشمگيري را به دست آورد.
دورههاي آموزش طلاب و فضلاي حوزه علميه قم در رشته علوم سياسي، به طور منظم تا سال 1370 ادامه يافت. سپس هيئت مديره دفتر تبليغات اسلامي حوزه علميه قم، مقدمات ثبت مؤسسه را فراهم نمود كه با همكاري صميمانه وزارت محترم فرهنگ و آموزش عالي، سرانجام در جلسه مورخ 7/8/1370 موفق به كسب موافقت اصولي از شوراي محترم گسترش آموزش عالي كشور شد.
شوراي محترم گسترش در مورخه 21/1/1371 ضمن تصويب مؤسسه آموزش عالي باقرالعلوم(ع)، موافقت اصولي خود را با گسترش فعاليتهاي آموزشي و پژوهشي مؤسسه در رشته هاي علوم انساني ابلاغ نمود. به دنبال آن، چارچوب سازماني مؤسسه آموزش عالي باقرالعلوم(ع) در جلسه 3/11/1372 به تصويب رسيد.
نظر به ضرورت گسترش فعاليتهاي آموزشي علوم انساني ـ اسلامي و توسعه كمي و كيفي تربيت طلاب فاضل در عرصههاي مختلف علمي ديني، در سال 1384 طرح اوليه تبديل مؤسسه به دانشگاه تدوين گرديد. پس از مكاتبه با وزارت علوم، تحقيقات و فنآوري در نهايت در مورخ 13/12/84 شوراي گسترش آموزش عالي با ارتقاي مؤسسه به دانشگاه باقرالعلوم(ع) موافقت نمود.
